استادان فن به پايان رسانيد و براى تكميل تحصيلات خود عازم عتبات عاليات شد . او پس از زحمات فراوان با يار وفادار خود آية اللّه سيّد حسين عالم وارد مشهد شد و مدت كوتاهى به اتّفاق وى در حوزهء علميّهء مشهد مشغول تحصيل گرديد . پس از گذشت دو سال آية اللّه سيّد حيدر شمشيرى به آذربايجان رفت و يك سال در شهر بادكوبه اقامت گزيد ؛ ولى پس از يك سال دوباره عازم عتبات عاليات شد و در حوزهء علميّهء نجف در درس خارج حضرت آية اللّه العظمى سيد ابو الحسن اصفهانى شركت كرد و به كسب اجازه اجتهاد از دست وى توفيق يافت . استادان او عبارت بودند از : آية اللّه سيّد على شاهرودى ، آية اللّه سيّد اسماعيل صدر ، آية اللّه سيّد على طباطبائى ، آية اللّه محمد حسين يزدى فيروزآبادى ، آية اللّه سيد مهدى صدر ، آية اللّه سيّد محمّد كاظم طباطبائى يزدى ، آية اللّه شيخ محمّد حسين كمپانى ، آية اللّه ميرزا حسين نائينى و آية اللّه سيد ضياء الدّين عراقى - رحمة اللّه عليهم - « 1 » حضرت آية اللّه العظمى نائينى ( ره ) در مورد آقاى نجفى به اهالى بلخ چنين نوشت : عموم برادران ايمانى اهالى بلخ و توابع آن و ساير بلاد تركستان را سلام مىرساند ، جناب مستطاب ملاذ الانام حاج سيد حيدر نجفى سلمه اللّه تعالى محل اعتماد و وثوق كامل هستند . « 2 » از نامهء حجة الاسلام سيّد على احمد كربلايى سرپلى به دست مىآيد كه آية اللّه نجفى شمشيرى از هم دوره‌هاى آية اللّه شيخ محمّد كاظم هروى معروف به آخوند خراسانى بوده است و هر دو در درس مرجع مبارز حضرت آية اللّه العظمى سيّد ميرزا حسن شيرازى حاضر مىشده‌اند . آية اللّه نجفى شمشيرى درس جهاد و مبارزه را از محضر اين استاد مجاهد آموخت . اين مرد بزرگ در علوم مختلف از قبيل فقه ، اصول ، فلسفه ، تفسير ، كلام ، نجوم ، تاريخ ، حديث ، رجال و درايه دست داشت و در ادبيات و لغت عرب از مهارت خوبى برخوردار بود . اين دانشمند خود را به سلاح علم مجهز كرد و با كوله‌بارى از دانش و تقوا به وطن

--> ( 1 ) - سلسله قيامهاى مشرق اسلامى ، ص 39 . ( 2 ) - همان ، ص 42 .